home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9406d.zip / M9460671.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-06-25  |  3KB  |  46 lines
  1.        Document 0671
  2.  DOCN  M9460671
  3.  TI    Design and use of signature primers to detect carry-over of amplified
  4.        material.
  5.  DT    9408
  6.  AU    Abbott LZ; Spicer T; Bryz-Gornia V; Kwok S; Sninsky J; Poiesz B;
  7.        Department of Medicine, SUNY Health Science Center, Syracuse; 13210.
  8.  SO    J Virol Methods. 1994 Jan;46(1):51-9. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/94230651
  10.  AB    Signature primer pairs designed for use with the polymerase chain
  11.        reaction have been developed which can determine if a positive result
  12.        originated from the intended target nucleic acid or from so-called
  13.        carry-over contamination of previously amplified DNA. The 3' ends of
  14.        each signature primer, SK339/341, SSK110/111, and SSK58/59 contain a
  15.        viral specific sequence complementary to regions of either HIV-1, HTLV-I
  16.        and II respectively. The 5' ends of each primer contain a non-human,
  17.        non-viral (NHNV) signature sequence including restriction endonuclease
  18.        sites for subsequent cloning. A fourth set of primers, SK338/340,
  19.        consist solely of these NHNV sequences and are designed to anneal to any
  20.        product previously amplified by the viral-specific signature primers.
  21.        These primers were tested against their corresponding positive and
  22.        negative DNA targets, to determine their specificity and sensitivity. As
  23.        expected, the viral-specific signature primers detected the retroviral
  24.        infected samples while no detectable amplification occurred in negative
  25.        DNA controls. Primers SK338/340 did not amplify any viral positive or
  26.        negative template DNA's. Samples spiked with amplified material
  27.        generated from the viral-specific signature primers could be
  28.        specifically amplified by the NHNV primers SK338/340. Primers SK338/340
  29.        were determined to be more sensitive than the viral-specific signature
  30.        primers, ensuring the detection of extremely low amounts of carryover.
  31.        This strategy may be useful in developing other retroviral or
  32.        non-retroviral primers with a built-in signature sequence that can
  33.        differentiate false positives from true positives in a subsequent
  34.        confirmatory test.
  35.  DE    *Artifacts  Base Sequence  Cell Line  Comparative Study  *DNA Primers
  36.        DNA, Viral/*ISOLATION & PURIF  Equipment Contamination  False Positive
  37.        Reactions  HIV-1/GENETICS/*ISOLATION & PURIF  HTLV-I/GENETICS/*ISOLATION
  38.        & PURIF  HTLV-II/GENETICS/*ISOLATION & PURIF  Molecular Sequence Data
  39.        Polymerase Chain Reaction/*METHODS  Proviruses/GENETICS/*ISOLATION &
  40.        PURIF  Sensitivity and Specificity  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  JOURNAL
  41.        ARTICLE
  42.  
  43.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  44.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  45.  
  46.